W lipcu 1990 miał miejsce oblot maszyny dyspozycyjnej CBA 123 Vector. Nie odniosła ona jednak sukcesu, a Embraer pogrążył się w kryzysie finansowym. W roku 1993 Embraer podpisał porozumienie z firmami mającymi współpracować z nim przy produkcji ERJ-145. Były to hiszpańska Gamesa, C&D z USA, chilijski ENAER i belgijska Sonaca. Łącznie w programie ERJ-145 bierze udział 350 dostawców, w tym 10 partnerów produkujących systemy: Rolls-Royce, Honeywell, TRW Lucas, Goodrich, Liebherr, Hamilton Sundstrand, Parker Aerospace, Thales, Sierracin i EATON. W 1998 roku pojawiła się jego mniejsza wersja, ERJ-135, zaś w sierpniu 1999 roku Embraer rozpoczął prace nad kolejną maszyną – Embraerem 170. W pracach bierze udział 16 partnerów i 22 głównych poddostawców. Oblot maszyny nastąpił 19 lutego 2002. W latach 2003–2004 powstały wersje rozwojowe – EMB175, EMB190 i EMB195. 31 marca 2001 roku został oblatany Embraer Legacy 600 – odrzutowiec dyspozycyjny bazujący na samolotach z rodziny Embraera 145. Pod koniec czerwca 2000 odbyła swój pierwszy lot wersja ERJ-140, a 23 lipca tego roku Embraer wszedł na giełdę w São Paulo. W lipcu 2007 oblatano nowy mały samolot dyspozycyjny Embraer Phenom 100, a w następnym roku nieco większego Phenom 300. W październiku 2007 odbył się także pierwszy lot dużego samolotu dyspozycyjnego Embraera Lineage 1000.