Podczas wojny amerykańsko-hiszpańskiej dowodził zarekwirowanym parowcem „Yankee”, biorąc udział w blokadzie Kuby. W 1899 roku został awansowany do stopnia komandora i objął dowodzenie pancernika „Alabama”. W latach 1902–1905 pełnił funkcję superintendenta Akademii Marynarki Wojennej. W 1905 roku awansował do stopnia kontradmirała, zostając dowódcą 4 Dywizjonu Floty Północnoatlantyckiej, z krążownikiem pancernym „West Virginia” jako okrętem flagowym. 15 października 1906 roku mianowano go dowódcą Floty Azjatyckiej. Pełnił tę funkcję do przejścia w stan spoczynku w lipcu następnego roku.
Zgodnie z decyzją prezydenta Theodora Roosevelta objął stanowisko szefa Bureau of Navigation, odpowiedzialnego za sprawy personalne floty. Jednak gdy w grudniu 1907 roku prezydent, wbrew jego opinii, zdecydował o oddaniu komendy nad okrętami szpitalnymi US Navy w ręce lekarzy, na znak protestu podał się do dymisji. Zmarł w Waszyngtonie w 1935 roku. Od jego nazwiska pochodziły nazwy dwóch niszczycieli US Navy: „Brownson” (DD-518) oraz „Brownson” (DD-868).