W 1960 roku w mieście zostaje zamknięta szkoła misyjna z powodu braku kierownictwa. thumb|Historyczne centrum Skagway
Lata 1961–1980 Na przełomie lat 1961–1962, ponownie rozpoczynają się prace nad utworzeniem parku narodowego po tym, gdy władze Alaski okażą zainteresowanie projektem. W latach 1963–1966 do Skagway przybywa pierwszy prom usług promowych Alaska Marine Highway. W roku 1967 Skagway i okolice nawiedzają powodzie. Konsekwencją powodzi staje się zamknięcie Szpitala Yukon, który zostaje zamknięty po 69 latach działalności. W tej sytuacji odpowiedzialność za usługi medyczne przejmuje Skagway. Na przełomie lat 1968–1969 miasto buduje nową klinikę medyczną i zdrowotną. WP&YR buduje nowe zajezdnie kolejowe oraz doki. W tym samym czasie izba handlowa ocenia energetyczne zapotrzebowanie miasta, organizując plan Clean Sweep. Zapowiedziane plany dotyczą budowy kopalni Anvil, niedaleko miejscowości Faro. Głównym celem kopalni miało być zwiększenie wydobycia ołowiu i cynku na terenie przełęczy White Pass. W 1969 roku płonie parowozownia lokalnej kolei. W 1973 roku przez Delegację kongresową Alaski wprowadzone zostają pierwsze ustawy ustanawiające Klondike Gold Rush National Historical Park. Zakończone zostają badania drogowe.