Stosunki z Delegaturą Rządu na Kraj Działalność SCN pokrywała się w wielu dziedzinach z komórkami Delegatury Rządu. W XII 1942 r. Delegat Rządu na Kraj, prof. Jan Piekałkiewicz zwrócił się do K. Gluzińskiego o podporządkowanie sobie SCN. Powoływał się przy tym na przekazanie w X 1940 r. dorobku poprzedniczki SCN, tj. Komisariatu Cywilnego ZJ na ręce wcześniejszego Delegata Rządu, Cyryla Ratajskiego. Tym razem jednak K. Gluziński odmówił. Doszło jedynie do rozmów dotyczących organizacji służby bezpieczeństwa między kierownikiem Szefostwa Administracji SCN S. Kasznicą i dyrektorem Departamentu Spraw Wewnętrznych Delegatury Rządu Tadeuszem Mikłaszewskim – najprawdopodobniej bez skutku. Mimo braku formalnego porozumienia wspólne prace, w odniesieniu do ziem wcielonych, prowadzono jednak na Pomorzu, Kujawach i w Warszawie. SCN krytycznie oceniała pracę Delegatury Rządu, pomijanie przez nią swojego dorobku i kadr, obsadę stanowisk według klucza partyjnego, brak utworzenia jednolitego sądownictwa podziemnego, czynnej walki z anarchią i szerokiej akcji antykomunistycznej, jednego z głównych celów politycznych obozu narodowego.