26 marca 1741 przyjął chirotonię biskupią, otrzymując od razu godność metropolity z tytułem metropolity syberyjskiego i tobolskiego. W roku następnym został przeniesiony do eparchii rostowskiej i zaliczony do składu Świątobliwego Synodu Rządzącego. Należał do najlepiej wykształconych hierarchów Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego swojej epoki.
Jeszcze w okresie rządów carycy Elżbiety protestował przeciwko zamiarom sekularyzacji dóbr kościelnych. W okresie panowania Katarzyny II poświęcił temu problemowi dwa listy pasterskie przesłane do Synodu. Protestował w nich w szczególności przeciwko planowanej inwentaryzacji majątku Cerkwi oraz przeciwko wprowadzeniu ksiąg wydatków i dochodów Kościoła. Obawiając się konsekwencji pism, Synod przekazał je carycy, która nakazała surowo ukarać metropolitę Arseniusza. Hierarcha usiłował pogodzić się z carycą, odwołując krytykę jej planów i prosząc o skierowanie do monasteru Przemienienia Pańskiego w Nowogrodzie Siewierskim.