Latem 2003 Shaqiri odszedł z CSKA do angielskiego West Bromwich Albion. W 2004 roku awansował z nim z Division One do Premier League. W Premier League w sezonie 2004/2005 rozegrał 3 mecze. W 2005 roku przeszedł do duńskiego Aalborga, a w 2006 roku grał w Finlandii, w Interze Turku.
Rok 2007 Shaqiri rozpoczął od występów w drugiej lidze Szwajcarii, w klubie FC Vaduz z Liechtensteinu. W sezonie 2007/2008 grał w rodzimej Shkëndiji Tetowo oraz w albańskiej Besie Kawaja. W sezonie 2008/2009, ostatnim w swojej karierze, występował w azerskim Qarabağu Ağdam, z którym zdobył Puchar Azerbejdżanu.
Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1993/94 Wardar Skopje
Prwa Liga ? ? 1994/95 Wardar Skopje
Prwa Liga ? ? 1995/96 Wardar Skopje
Prwa Liga ? ? 1996/97 Wardar Skopje
Prwa Liga ? ? 1997 Halmstads BK
Allsvenskan 19 4 1998 Halmstads BK
Allsvenskan 24 4 1998/99 Wardar Skopje
Prwa Liga ? ? 1999/00 Wardar Skopje
Prwa Liga 9 2 1999/00 Tennis Borussia Berlin
Bundesliga 14 0 2000/01 Wardar Skopje
Prwa Liga 8 2 2000/01 HIT Nova Gorica
1. SNL 14 3 2001/02 HIT Nova Gorica
1. SNL 5 0 2001/02 Korotan Prevalje
1.