W związku ze stopniowym przechodzeniem na etaty pokojowe i zmianą przekroju pacjentów, zmieniła się też struktura organizacyjna szpitala, która w 1948 przedstawiała się następująco: dwa oddziały terapeutyczne – 100 łóżek, oddział chirurgiczny – 70 łóżek, oddział skórno-weneryczny – 50 łóżek, oddział uszny – 30 łóżek, oddział oczny – 30 łóżek, oddział nerwowy – 30 łóżek, oddział zakaźny – 30 łóżek, oddział dziecięcy – 20 łóżek, oddział położniczo-ginekologiczny – 40 łóżek, gabinet dentystyczny, gabinet rentgenologiczny, gabinet fizjoterapeutyczny, Okręgowe Laboratorium Sanitarno-Higieniczne, pracownia kliniczna, laboratorium anatomo-patologiczne, apteka, kuchnia, pralnia, pluton gospodarczy.
W tym czasie w szpitalu służyło 71 oficerów, 9 podoficerów zawodowych i 12 szeregowców, a także 235 cywilnych pracowników kontraktowych. Kolumnę transportową stanowiły dwa 1,5-tonowe samochody ciężarowe, dwa samochody sanitarne, samochód osobowy oraz wóz dwukonny. Ponadto na stanie szpitala znajdowała się broń: 65 pistoletów i 5 karabinów.
Władze szpitala starały się w tym czasie jeszcze o wydzielenie pododdziału gruźliczego, jednak starania te nie przyniosły efektów.