MB Częstochowskiej w Poznaniu-Naramowicach, potem także we wsi Chojnica (dziś już nieistniejącej).
W latach 1947–1950 pełnił funkcję prokuratora Arcybiskupiego Seminarium Duchownego w Poznaniu. Wykorzystał swoje zdolności praktyczne przy jego odbudowie. Z dniem 1 października 1947 r. Dekertem abpa Walentego Dymka został proboszczem w parafii św. Tekli w Dobrzycy.
Jednocześnie objął stanowisko zastępcy rektora do spraw gospodarczych Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego. Krótkie zarządzanie sprawami gospodarczymi przerwało mu aresztowanie przez funkcjonariuszy SB. Po zwolnieniu z aresztu, z dniem 15 września 1952 r. przyjął stanowisko proboszcza w parafii Św. Jana Chrzciciela w Zdunach w powiecie krotoszyńskim.
W 1959 roku ks. Marian Kwiatkowski uczestniczył w ekshumacji, a potem w pochówku Ludwika Danielaka, pocztowca i harcerza ze Zdun, zamordowanego przez żołnierzy Wehrmachtu w 1939 roku. W listopadzie 1983 r. przeszedł w stan spoczynku i zamieszkał w budowanym przez siebie domu we wsi Borówiec, w parafii Kórnik.