objęcie władzy przez duchownego było jednak niemożliwe. Nowy car Wasyl IV Szujski początkowo zamierzał powierzyć mu godność patriarchy moskiewskiego i całej Rusi, zmienił jednak zdanie w tym zakresie, nie będąc pewnym lojalności metropolity rostowskiego.
W październiku 1608 r. Filaret został wzięty do niewoli w Rostowie i przewieziony do obozu Dymitra Samozwańca II w Tuszynie. Formalnie będąc ciągle jeńcem, duchowny stał się faktycznym przywódcą obozu tuszyńskiego. Brał udział w opracowywaniu planu umowy zawartej z Polską 4 lutego 1610 r., zapowiadającej powołanie królewicza Władysława na tron carski. W maju 1610 z planem podpisanym w lutym udał się do polskiego obozu pod Smoleńskiem. Nie dotarł jednak do króla, gdyż grupa, w której się znajdował, została „odbita z niewoli” przez oddział wierny Szujskiemu i przewieziona do Moskwy, gdzie car udawał, że nie zdaje sobie sprawy, w jakiej roli Filaret podążał do polskiego obozu. W stolicy Filaret nadal propagował unię Rzeczypospolitej z Rosją, kierując się nienawiścią wobec Szujskiego. Po obaleniu Szujskiego rządzący Rosją bojarzy podjęli rozmowy z Zygmuntem III Wazą, zawierając 17 sierpnia 1610 porozumienie zakładające objęcie tronu przez Władysława. Filaret był członkiem poselstwa rosyjskiego, które prowadziło w obozie pod Smoleńskiem rozmowy z polskim królem.