Wersje C wyposażono w radar ELTA EL/M 2032, nahełmowy system celowniczy, HUD i dwa wyświetlacze LCD mogła przenosić pociski powietrze-powietrze R550 Magic 2, Python 3, R-60, R-73, miała też zdolność atakowania celów lądowych. Weszły one na uzbrojenie w 1997 roku. U kresu swojej służby w 2016 roku zdolnych do lotu pozostawało około dwudziestu MiG-21MF LanceR C i osiem MiG-21UM Lancer B.
W 2007 roku cztery rumuńskie MiG-21 LanceR C pełniły dyżur nad przestrzenią powietrzną krajów bałtyckich w ramach misji Baltic Air Policing. Od 1999 do marca 2022 roku utracono w katastrofach i wypadkach co najmniej 15 Lancerów, w tym 10 wersji C, a zginęło 7 pilotów. Z uwagi na wiek i spadającą sprawność, Siły Powietrzne zaplanowały ostateczne wycofanie Lancerów do 15 maja 2023 roku.
W związku z przystąpieniem do NATO w 2004 priorytetem sił powietrznych stało się zastąpienie wyeksploatowanych Migów nowym typem myśliwców, zgodnych z NATO. Państwo zobowiązało się wtedy do posiadania 48 samolotów zgodnych z sojuszem. W 2010 ambitny plan zakładał nawet pozyskanie 24 zmodernizowanych ex-amerykańskich F-16C/D Block 25 (za 1,3 mld USD) oraz dokupienie 24 nowych F-16C/D Block 52+ w późniejszym czasie. Do 2012 z powodu braku funduszy nie doszło do zakupu amerykańskich samolotów.