W wyniku reformy dzielącej MSW na służby w listopadzie 1981 r. Biuro Ochrony Rządu (z uwagi na realizowanie zadań wspólnie z Nadwiślańskimi Jednostkami Wojskowymi), znalazło się pod nadzorem szefa wojsk MSW. Po likwidacji tego stanowiska w listopadzie 1989 r. kontrolę nad komórką przejął szef Służby Bezpieczeństwa. Stan ten trwał do czasu zreorganizowania ministerstwa i podległych mu formacji dokonanego w okresie od 10 maja do 31 lipca 1990Aparat bezpieczeństwa w Polsce. Kadra kierownicza, tom III, 1975–1990, red. Paweł Piotrowski, Warszawa 2008, s. 12, 16, 37, 49..
BOR a SB Kwestia przynależności Biura Ochrony Rządu do Służby Bezpieczeństwa wzbudza kontrowersje ze względu na fakt, iż w okresie PRL nie został wydany żaden akt prawny wyższego rzędu jednoznacznie określający jakie komórki organizacyjne MSW wchodziły w skład SB. Obecnie, zgodnie z ustawą lustracyjną, za jednostki Służby Bezpieczeństwa uważane są te jednostki Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, które z mocy prawa podlegały rozwiązaniu w chwili zorganizowania Urzędu Ochrony Państwa, oraz te jednostki, które były ich poprzedniczkami.. W rozumieniu tak skonstruowanych przepisów BOR należy umieścić poza systemem SB, gdyż nie został on rozwiązany, lecz po przekształceniu w dalszym ciągu funkcjonował w ramach ministerstwa.