Niektóre hipotezy wiążą zameczek z rodziną Babonicsok.
Podczas wojen z Turcją jeziora Plitwickie znalazły się na obszarze buforowym zwanym Pograniczem Wojskowym. Cesarscy urzędnicy chętnie osiedlali tu tzw. uskoków, czyli chorwackich i czarnogórskich uciekinierów z ziem zajętych przez Osmanów. To z kolei doprowadziło do zmiany zróżnicowania etnicznego tego terenu, a podczas wojny domowej w byłej Jugosławii zakończyło się tzw. „Plitwicką Krwawą Wielkanocą”.
Do terytorium tego podczas rozpadu Jugosławii w 1. połowie lat 90. XX wieku zgłaszali pretensje także zamieszkali w Bośni Serbowie, tworząc Republikę Serbskiej Krajiny, tym bardziej że choć sam park formalnie podlegał chorwackim władzom, to okoliczną ludność w owym czasie stanowili jednak w większości Serbowie. W marcu 1991, na Wielkanoc, doszło w rejonie jezior do starcia uzbrojonych serbskich separatystów z chorwackimi siłami bezpieczeństwa, w wyniku którego po każdej ze stron poniosła śmierć jedna osoba.