W 1935 roku na krótko przybył do Hajnówki Jakub Sielużycki, absolwent instytutu w Gdańsku.
W latach 1941–1944 podczas okupacji niemieckiej działalność zboru została ograniczona, wierni pod naciskiem władz okupacyjnych musieli przystąpić do zboru baptystycznego.
Lata powojenne Po wojnie wraz z Grzegorzem Ziemcowem, dotychczasowym przewodniczącym zboru baptystów, ponownie założono własny zbór. W 1949 roku Ziemcow został wyłączony za propagowanie potrzeby umywania nóg podczas Wieczerzy Pańskiej.
W 1946 roku przybył Jakub Sielużycki, repatriant z BSRR, kilkakrotnie wtrącany do aresztu na Białorusi i w Polsce. W Polsce po raz drugi został aresztowany w sierpniu 1948 roku. Po raz trzeci został aresztowany we wrześniu 1950 roku i skazany na więzienie. W więzieniu przesiedział ponad rok i doznał trwałej utraty zdrowia. Po wyjściu na wolność kilkakrotnie zabiegał o wyjazd do Szwecji. Pozwolono mu wyjechać w 1957 roku. Po wyjeździe Sielużyckiego w zborze były problemy z przywództwem aż do roku 1983, kiedy zastępcą pastora został Jerzy Szpilko (od 1984 pastor).
W latach 1947–1948 pracowała w Hajnówce Siri Andersson-Palmestav.