ekshumacją zwłok zajmowali się Ukraińcy. Zidentyfikowane ciała były zabierane przez rodziny i chowane w indywidualnych grobach.

6 lipca (niedziela) Organizacja Ukraińskich Nacjonalistów zorganizowała w Brzeżanach manifestację, połączoną z pogrzebem ofiar, mającą na celu uczczenie zakończenia okupacji sowieckiej, na którą przybyły tysiące Ukraińców (według różnych wersji około 5 tys. lub 10-20 tys.), głównie z okolicznych wsi. Zdaniem Henryka Komańskiego i Szczepana Siekierki tego dnia wojskowe władze niemieckie dały Ukraińcom wolną rękę w atakowaniu Żydów („dzień swobody”). Witold Mędykowski, powołując się na świadka, twierdzi, że Niemcy przyzwalali na przemoc miejscowych wobec Żydów przez 3 dni. Z kolei Kai Struve uważa, że postawa wojskowej komendantury miasta wobec pogromu nie jest jasna.