Po wojnie Zygmunt Podhorski był jednym z inicjatorów osadnictwa wojskowego na Kresach Wschodnich. 1 grudnia 1924 awansował do stopnia pułkownika ze starszeństwem z dniem 15 sierpnia 1924 i 10. lokatą w korpusie oficerów kawalerii. W 1927 ukończył wyższy kurs oficerski we Francji, po czym mianowano go komendantem Obozu Szkolnego Kawalerii w Grudziądzu, przeorganizowanym 1 kwietnia 1928 na Centrum Wyszkolenia Kawalerii. Uważany jest przez wielu za najwybitniejszego komendanta CWK. Szkołą tą komenderował do lipca 1935. W 1929 został członkiem Oficerskiego Trybunału OrzekającegoDziennik Personalny Ministerstwa Spraw Wojskowych Nr 5 z 12 marca 1929. Publikował również artykuły poświęcone zagadnieniom organizacji i wyszkolenia kawalerii. W latach 1935–1936 był dowódcą XIII Brygady Kawalerii w Płocku, a następnie Suwalskiej Brygady Kawalerii w Suwałkach. 19 marca 1938 otrzymał awans na generała brygady.