pozostał na tym stanowisku do 22 grudnia 1996. 24 czerwca 1994 otrzymał awans do stopnia generała pułkownika.
Wojna w Bośni i Hercegowinie thumb|Generał Mladić na lotnisku w Sarajewie w 1993 thumb|Oblężenie Sarajewa w 1992 W maju 1992 roku polityczni przywódcy bośniackich Serbów przeczytali o Mladiciu w chorwackiej gazecie i postanowili powierzyć mu przewodzenie ich inicjatywom wojennym, przenosząc go z armii jugosłowiańskiej do nowo utworzonych . Wczesne działania ujawniły bezwzględny styl wojskowy Mladicia. W odbytej w tamtym czasie rozmowie z korespondentem „The New York Timesa” generał stwierdził, że dla niego dominującą formą konfliktu zbrojnego jest atak, ponadto dodał też, że sam „ma ofensywny charakter, co jest w pełni akceptowalne dla naczelnego dowództwa armii ”. Mladić mieszkał wówczas we współdzielonym z bratem domu w jednej z dzielnic Sarajewa, . Niedługo później dom ten doszczętnie spłonął.