Ministra Obrony Narodowej z 18 sierpnia 2008 roku eskadra została włączona w skład 3 Brygady Lotnictwa Transportowego, a w następnym roku w skład 3 Skrzydła Lotnictwa Transportowego.

1 lipca 2010 roku, 13 Krakowska Eskadra Lotnictwa Transportowego została włączona w skład 8 Bazy Lotnictwa Transportowego w KrakowieRozkaz szefa Sztabu Generalnego Wojska Polskiego nr 57 z 28 grudnia 2009 roku.

Wyposażenie 13 pułk posiadał następujące samoloty: Ił-14 „Crate”, Li-2, An-2 „Colt”.W roku 1972 otrzymano dodatkowo An-26 „Curl” oraz An-12 „Cub”.W latach 1993–94 włączono śmigłowce Mi-2, wykonujące zadania dla Krakowskiego Okręgu Wojskowego.W roku 1994 pułk otrzymał samoloty An-28 „Cash”.

Podstawowymi samolotami 13 eskadry były samoloty transportowe CASA C-295M. Samolot o nr 019 został utracony w wyniku katastrofy lotniczej w Mirosławcu 23 stycznia 2008.

Eskadra posiadała również samoloty PZL M28PT, PZL M-28B oraz An-2.