Działalność J. I. Lubomirski związał się z konfederatami sandomierskimi, szczególnie z hetmanem wielkim koronnym Adamem Sieniawskim. Jak niemal każdy magnat polski, posiadał własny pułk jazdy. Jednak dopiero w 1708 r. przysłał swe wojsko do obozu hetmana. W 1709 brał udział w naradach konfederatów. W tym samym roku wycofał się w okolice Sanoka przed wojskami króla Stanisława Leszczyńskiego. W tym czasie wojska króla złupiły jego dobra rzeszowskie. Po ich wyparciu chronił majątek przed kontrybucjami ze strony wojsk polskich i rosyjskich. W 1710 r. otrzymał stopień generała za zasługi w oblężeniu zajętego przez Szwedów Elbląga. Jako żołnierz Lubomirski brał udział w kampanii pomorskiej w 1711 r. Odznaczył się zwłaszcza w czasie oblężenia Stralsundu. W roku następnym brał udział w walkach z J. Grudzińskim.
24 IV 1713 r. wyprawił ucztę na zamku rzeszowskim, podczas której doszło do sprzeczki między Lubomirskim a jego gościem Józefem Jelcem. W czasie pojedynku książę zabił Jelca. Dekretem trybunału skazano go na karę więzienia. Część kary odbył w wieży zamku w Sanoku. Odbywanie jej przerwano wskutek powołania więźnia do służby wojskowej. Drugą część kary odbył w latach 1721-1725. W ramach ekspiacji za zabójstwo, ufundował dla zakonu kapucynów klasztor w Rozwadowie.