Akademią opiekowali się scholarchowie, m.in.: Jakub Sienieński, Andrzej Lubieniecki (zm. 1623), Hieronim Moskorzowski, Walenty Smalc, Piotr Stoiński, Stanisław Lubieniecki, Krzysztof Morsztyn, Adam Gosławski, Andrzej Wojdowski, Giovanni Battista Cetis, Jan Völkel, Salomon Paludius i inni.
Największy rozkwit Akademii Rakowskiej przypadał na lata 1616–1630, kiedy zwano ją sarmackimi Atenami. W tym czasie liczyła ponad 1000 uczniów, w tym wielu cudzoziemców.
Koniec Akademii przyniosła w 1638 sprawa rzekomego sprofanowania przydrożnego krzyża przez kilkunastu uczniów Akademii, którzy wyszli na wycieczkę pod opieką nauczyciela Salomona Paludiusa. Tę sprawę wykorzystali i nagłośnili: biskup krakowski Jakub Zadzik, wojewoda sandomierski Jerzy Ossoliński mianowany wówczas podkanclerzym i nuncjusz papieski Honorato Visconti. Doprowadzili oni do zamknięcia Akademii i zniszczenia wszystkich instytucji ariańskich w Rakowie na mocy wyroku sądu sejmowego z kwietnia 1638, mimo obrony ze strony posłów-innowierców. Wyrok zapadł w procesie skróconym tzw. sumarycznym, bez oparcia w obowiązującym prawie, co wzbudziło opór również posłów katolickich. Bowiem