Nowe władze, choć na mniejszą skalę niż tureckie, nadal ingerowały jednak w życie wewnętrzne Kościoła. Duchowieństwo prawosławne odegrało znaczącą rolę w ruchu na rzecz niepodległości wyspy, a prawosławny arcybiskup Makarios III został pierwszym prezydentem Republiki Cypru. Wskutek inwazji tureckiej na Cypr Kościół stracił kontrolę nad dwiema spośród sześciu swoich metropolii, a większość znajdujących się na ich terenie świątyń uległa zniszczeniu.
Cypryjski Kościół Prawosławny aktywnie uczestniczy w ruchu ekumenicznym.
Historia Korzenie Dzieje Apostolskie zawierają informacje o głoszeniu chrześcijaństwa na Cyprze po ukamienowaniu św. Szczepana, przez wyznawców z Jerozolimy. Szczególne zasługi w krzewieniu chrześcijaństwa na Cyprze przypisuje się świętym Barnabie i Pawłowi. Według tradycji, ok. roku 50 apostoł Barnaba razem z Markiem Ewangelistą przebył cały Cypr, zakładając nowe wspólnoty chrześcijańskie i wzmacniając już istniejące. Ok. roku 57 Barnaba został ukamienowany w Salaminie przez Żydów. Chrześcijaństwo szybko rozprzestrzeniło się w regionie, chociaż początkowo współistniało z różnymi kultami pogańskimi.