Zginął po północy 26 czerwca 1942 roku w kolejnym locie bojowym – wielkim nalocie 1000 samolotów na Bremę, lecąc jako pierwszy pilot (inne źródło podaje że leciał jako drugi pilot, a pierwszym był podporucznik Józef SzybkaWacław Król Trzydzieści sekund nad celem, Wydawnictwo MON, Warszawa 1980, s. 36) w składzie załogi bombowca Vickers Wellington Mk II o znakach SM-R. Załoga ta była skompletowana ad hoc do tego lotu i nie była zgrana. Wbrew informacjom spotykanym w literaturze, z dokumentów wynika, że samolot nie doleciał do celu i nie został trafiony, lecz nad wybrzeżem Holandii doznał awarii silnika i musiał zawrócić. Mimo to, na skutek awarii przeciążonego drugiego silnika, samolot przymusowo wodował po godz. 2 na Morzu Północnym, ok. 65 km od wybrzeży Anglii. Podczas ewakuacji załogi do tratwy ratunkowej dinghy za prawym skrzydłem, Skarżyński jako pilot opuszczał samolot innym lukiem w dachu kabiny, niż pozostali członkowie załogi. Prawdopodobnie został zmyty przez falę z kadłuba lub zszedł na lewe skrzydło i nie został odnaleziony, po czym utonął jako jedyny członek załogi (pozostali się uratowali). Ciało Skarżyńskiego zostało wyrzucone na brzeg holenderski, po czym został pochowany z honorami na cmentarzu żołnierzy alianckich w miejscowości West-Terschelling na wyspie Terschelling w Holandii (Wyspy Fryzyjskie).