Fabuła Grę osadzono w rzeczywistości, w której Ziemia przed tysiącami lat została podzielona na dwa równoległe światy – magiczną Arkadię i technologiczny Stark. Historia rozpoczyna się w roku 2099. Główną bohaterką jest osiemnastoletnia April Ryan, studentka Akademii Sztuk Pięknych w Newport w USA, którą od dłuższego czasu nękają bardzo plastyczne koszmary. Wkrótce dziewczyna odkrywa istnienie bliźniaczej Arkadii i zostaje postawiona przed trudnym wyborem w obliczu zbliżającej się zagłady obu światów. Może zignorować nowo nabytą wiedzę, lub podjąć najdłuższą podróż swojego życia.
Postacie The Longest Journey posiada gamę ponad 50 różnych postaci, które gracz będzie miał okazję poznać i wejść z nimi w interakcję. Sama April Ryan, według założeń twórców, jest bohaterką niezwykle „żywą”, ze szczegółową charakterystyką i ciekawie skomponowaną przeszłością. Zarówno osobisty dziennik dziewczyny, jak i rozmowy poboczne, niezwiązane z główną fabułą gry, pozwalają na dogłębniejsze poznanie Najdłuższej podróży, w której większość bohaterów posiada własną osobowość i krótką, interesującą historię.