Po 20 latach opuścił Włochy i w 1707 zamieszkał w Wiedniu, stając się znanym i modnym portrecistą oraz nawiązując ściślejsze kontakty ze środowiskiem czeskich artystów. W tym okresie ożenił się z córką swego dawnego nauczyciela Benedykta Clausa – Zuzanną, z którą miał dwoje dzieci (córkę i syna), które jednak nie dożyły pełnoletniości. W 1711 portretował w Karlowym Warach cara Piotra I. W 1716 spotkał się w Pradze z Piotrem Brandlem.
Rywalizacja pomiędzy wiedeńskimi malarzami oraz strach przed prześladowaniami religijnymi spowodowały, że w 1723 Kupecký wraz z żoną i synem wyjechał z Wiednia do Norymbergi, gdzie również osiągnął sukces. Przez następne dziesięć lat odbył kilka podróży, podczas których wykonywał liczne portrety na zamówienie dostojników świeckich i kościelnych.
W listopadzie 1733 zmarł w wieku siedemnastu lat syn Kupeckiego – Christoph Johann Friedrich. Ta nagła śmierć załamała artystę. Przez ostatnie siedem lat swojego życia nie opuszczał już Norymbergi, odmawiając zleceń poza miastem. Z wiekiem zaczął chorować na podagrę, co w znacznym stopniu utrudniało mu malowanie. Jan Kupecký zmarł w Norymberdze i został pochowany na cmentarzu przy kościele św. Jana.