ligi jednak został z niej wycofany, a 5 grudnia 1998 roku władze klubu zdecydowały się na zawieszenie działalności klubu, co niedługo później okazało się być zupełnym rozwiązaniem zespołu.
Jednak już w tym samym roku, z inicjatywy i pod auspicjami miejskich radnych powstał w mieście klub Szeged LC, który swoje mecze zaczął rozgrywać na tym samym stadionie, co rozwiązany klub. Przyjął także identyczne barwy. Swój krótki byt klub rozpoczął w drugiej lidze, by już po jednym sezonie awansować do pierwszej ligi. W sezonie 1999/2000 klub rozegrał jedynie 17. spotkań ligowych i z powodów finansowych wycofał się z dalszej rywalizacji a większość zawodników rozwiązała kontrakty, w wyniku czego zespół został zdegradowany do 4. ligi, a po czterech miesiącach zupełnie rozwiązany.
W pierwszych miesiącach 2000 roku miejsce rozwiązanego klubu zajęło stowarzyszenie FC Szeged, założone przez byłego piłkarza, Gabora Kovácsa. Klubem częściowo zarządzało miasto, zaś początkowo jego kadrę stanowili młodzi piłkarze z Segedynu i okolic. Drużyna przejęła miejsce w lidze po Szeged LC i rozpoczęła zmagania od 4. ligi, z której do 3. ligi awansowała w sezonie 2001/2002, zaś do drugiej ligi w sezonie 2003/2004.