Adolf Hitler odnowił Krzyż Żelazny po ataku na Polskę w 1939 r. Zmieniono detale na krzyżu: w awersie zniesiono monarszą koronę i inicjał monarchy, zamiast niego, na przecięciu ramion krzyża dodając swastykę, symbol kierowanego przez NSDAP państwa. W dolnym ramieniu krzyża wstawiono 1939, rok kolejnego przywrócenia odznaczenia. Rewers wersji krzyża z 1939 r. pozbawiono symboliki jaka była na awersie powołanego przez Fryderyka Wilhelma III pierwowzoru, poza datą powołania odznaczenia. Zmianie uległa także kolorystyka wstążki. Barwy Królestwa Prus zamieniono na barwy związane z flagą nazistowskiego państwa (Hakenkreuzfahne).
Jako klasy pośrednie między Żelaznym Krzyżem I klasy a Wielkim Krzyżem Krzyża Żelaznego, wprowadzono podczas wojny pięć klas Krzyża Rycerskiego Krzyża Żelaznego (opisanych dokładniej w osobnym haśle). W czasie II wojny światowej Krzyż Żelazny II klasy nadano ok. 2 mln osób. W czasie powstania warszawskiego, ze zdobytych krzyży przez zamocowanie na rewersie monety 1 zł wz.