Fabuła Twilight Sparkle jest młodym jednorożcem, który uczy się magii pod opieką księżniczki Celestii, panującej nad całą Equestrią. W wypełnianiu obowiązków młodej adeptki magii pomaga mały smok Spike. Z czasem księżniczka wysyła uczennicę do miasteczka Ponyville, gdzie Twilight ma za zadanie znaleźć sobie przyjaciół i uczyć się o przyjaźni tak, by przynajmniej raz w tygodniu (jeden odcinek) napisać w raporcie, czego się nauczyła. Antagonistami serii są m.in. Nightmare Moon, Discordem, królową podmieńców Chrysalis, królem Sombrą, Lordem Tirekiem, Starlight Glimmer, Kucykiem Ciemności, Cozy Glow. W walce z nimi Twilight wykorzystuje swoją wiedzę, ale i tzw. Klejnoty Harmonii oraz „magię przyjaźni”. Pomagają jej w tym przyjaciółki (Rarity, Fluttershy, Applejack, Rainbow Dash i Pinkie Pie). Po dłuższym czasie nauki w Ponyville (na koniec trzeciego sezonu) Twilight w wyniku ukończenia zaklęcia Star Swirla Brodatego przeobraziła się w alikorna i stała się księżniczką. W zamian za pokonanie Lorda Tireka i rozwiązanie zagadki magicznego drzewa, Twilight otrzymała nowy pałac w Ponyville i nadano jej tytuł księżniczki przyjaźni. Natomiast w sezonie dziewiątym, Discord pod postacią Grogara przywołuje Lorda Tireka, Chrysalis, Cozy Glow oraz Króla Sombrę planując zemstę na Mane 6, lecz Sombra próbuje działać sam.