W firmie Surveyer w niedługim czasie objął stanowisko szefa Wydziału Inżynierii Mechanicznej, jednocześnie regularnie kontaktował się z wywiadem PRL. Ostatnie zadanie otrzymał w marcu 1961. 7 kwietnia 1961 został aresztowany przez Kanadyjską Królewską Policję Konną (RCMP). Podczas śledztwa poszedł na współpracę z kanadyjskim wymiarem sprawiedliwości, ujawniając policji szczegóły swojej pracy. O aresztowaniu Biernackiego władze PRL dowiedziały się z prasy kanadyjskiej. Po wielokrotnych interwencjach został zwolniony i zamieszkał w konsulacie w Montrealu, gdzie oczekiwał na sprawę sądową. W tym czasie raportował o przebiegu śledztwa i działaniach RMCP. 24 stycznia 1962 proces „Tomasza” kończy się zwolnieniem z odpowiedzialności karnej i powrotem do Polski.

W 1965 uzyskuje stopień doktora habilitowanego, w 1970 – profesora nadzwyczajnego. Od 1958 był prorektorem, a w latach 1975–1978 rektorem Politechniki Gdańskiej. W latach 1978–1981 pełnił z kolei funkcję podsekretarza stanu w Ministerstwie Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki.

Był członkiem PZPR, działał także w ZBoWiD i Towarzystwie Przyjaźni Polsko-Radzieckiej.