Ponadto, od 1938 istniały dwa 500-osobowe bataliony marynarki wojennej (po sześć kompanii piechoty), uzbrojone w karabiny ręczne i lekkie karabiny maszynowe, które ochraniały porty i bazy morskie oraz pełniły zadania wartownicze. Dowództwo okrętów i pozostałych oddziałów objęli oficerowie zwolnieni ze służby w marynarce wojennej Japonii, zaś kadeci mandżurscy zostali wysłani na przeszkolenie do Akademii Wojennej Imperialnej Marynarki Japońskiej.
Od 1937 okrętem flagowym Marynarki Wojennej Mandżukuo został niszczyciel „Hai Wei”, b. japoński niszczyciel typu Momo. W listopadzie 1938 r. okręty wojenne Japonii przestały chronić wybrzeża Mandżukuo, po uznaniu, że flota wojenna Mandżukuo osiągnęła wymaganą gotowość bojową.
W listopadzie 1939 roku Marynarka Wojenna Mandżukuo została przemianowana na Siły Rzeczne. W 1942 strona japońska wycofała z nich swoich oficerów. Na początku czerwca tego samego roku do Japonii powrócił niszczyciel „Hai Wei”, przekwalifikowany na eskortowiec „Kaii”. Doprowadziło to do znacznego spadku możliwości bojowych Sił Rzecznych Mandżukuo. Część okrętów rzecznych wycofano ze służby, a ich działa zdemontowano i przekazano wojskom lądowym. Wobec ofensywy Armii Czerwonej na okupowaną przez Japończyków część Chin 8 sierpnia 1945, Siły Rzeczne Mandżukuo nie stawiły faktycznie oporu i zostały zniszczone.