Caryca Katarzyna II wysoko ceniła duchownego i dzięki jej poparciu został on w 1778 wyświęcony na biskupa.
Chirotonia biskupia Ambrożego (Podobiedowa) miała miejsce w pustelni Trójcy Świętej i św. Sergiusza w Strielnie pod Petersburgiem. Archimandryta Ambroży został wyświęcony na biskupa pomocniczego eparchii moskiewskiej z tytułem biskupa siewskiego. Pełniąc swoje obowiązki, hierarcha szczególnie troszczył się o szkolnictwo duchowne, otwierając w 1778 seminarium w Siewsku i szkoły niższego stopnia w Orle i Briańsku. W 1782 objął katedrę kruticką i możajską, gdzie wspierał seminarium duchowne w Kruticy i otworzył szkoły duchowne w Borowsku i Bielowie.
W 1785 został arcybiskupem kazańskim i swijaskim. Przyczynił się do rozwoju seminarium duchownego w Kazaniu, przekształconego w 1797 w Akademię Duchowną (Ambroży był już wówczas arcybiskupem petersburskim). Wyremontował również miejscowy sobór katedralny. Od 1795, jako stały członek Świątobliwego Synodu Rządzącego, przebywał na stałe w Petersburgu. W 1799 został arcybiskupem petersburskim, estońskim i wyborskim. Rok później eparchie petersburska i nowogrodzka zostały, po rocznej przerwie, ponownie połączone pod jego zarządem. Od 1801 nosił tytuł metropolity.