W 1399 umierająca królowa Jadwiga przekazała swoje kosztowności na potrzeby mającego powstać uniwersytetu. Jego nowe otwarcie nastąpiło rok później. Według dokumentu króla Władysława Jagiełły z dnia 26 lipca 1400 roku odnawiającego uniwersytet, powstały cztery fakultety: prawa, teologii, filozofii i medycyny.
XV-wieczna medycyna w Krakowie (podobnie jak na innych uniwersytetach europejskich) nie miała wielu uczniów, ani profesorów – w tym czasie nikt nie otrzymał w Krakowie stopnia doktora medycyny (do wykonywania praktyki lekarskiej wystarczał wówczas stopień bakałarza).
W 1505 drugą katedrę medycyny ufundował Maciej z Miechowa – profesor medycyny, wielokrotny rektor UJ.
Na przełomie XVI i XVII wieku istotną dla Wydziału Medycznego postacią był Sebastian Petrycy z Pilzna – w 1862 jego postać została umieszczona na berle dziekańskim Wydziału Medycznego obok Kazimierza Wielkiego, św. Jana Kantego i Mikołaja Kopernika.
Po reformie Kołłątaja z 1780 Szkoła Główna Koronna (jak wówczas oficjalnie nazywano UJ) składała się z dwóch Kolegiów: Fizycznego i Moralnego. Kolegium Fizyczne oprócz Szkół Matematycznej i Fizycznej obejmowało także Szkołę Lekarską.