mały|250px|prawo|Shin’ya Nakano w sezonie 2007 Po zakończeniu kontraktu z japońską stajnią, Nakano przesiadł się na motocykl Hondy, związując się z zespołem Konica Minolta. Był to najgorszy sezon dla Japończyka w najwyższej kategorii. Najwyższą pozycją Nakano było trzykrotnie dziesiąte miejsce, natomiast w klasyfikacji zajął odległą 17. lokatę.
Rok 2008 był ostatnim dla Nakano w tej serii, a zarazem najlepszym na motocyklu o pojemności 990 cm³. Nakano tylko w trzech rundach nie znalazł się w pierwszej dziesiątce, a podczas GP Indonezji nie dojechał w czołowej piętnastce. Najlepiej spisał się podczas GP Czech, gdzie zajął czwarte miejsce. Był to również jedyny sezon, w którym Japończyk dojechał we wszystkich wyścigach do mety. Ostatecznie zmagania zakończył na 9. pozycji.
WSBK Początkowo Japończyk w mistrzostwach World Superbike miał brać udział w sezonie 2008. Ostatecznie jednak po jeszcze jednym roku w MotoGP, Nakano przeszedł do tej serii, podpisując kontrakt z debiutującą fabryczną ekipą Aprilia. W trakcie zmagań Nakano był regularnie pokonywany przez zespołowego partnera Maxa Biaggi. Najwyższą pozycję uzyskał w pierwszym wyścigu w Katarze, gdzie zajął czwartą lokatę. Podczas wyścigów w Hiszpanii i Holandii doznał upadków, w wyniku których uległ kontuzji.