W 1946 zakończył służbę wojskową i podjął pracę dla koncernu Ford. Szybko piął się w górę, aż w 1960 został pierwszym w historii prezesem spoza rodziny Fordów. Dzień przed objęciem przez niego prezesury wybory prezydenckie wygrał John F. Kennedy, który kilka tygodni później zaproponował mu objęcie resortu obrony.
Założenia doktryny wojskowej McNamara i Kennedy znacząco zmienili amerykańską doktrynę wojskową. Uznali, że w razie wojny nuklearnej Ameryka nie ma prawa do pierwszego uderzenia. O ile poprzednia ekipa, pod wodzą prezydenta Eisenhowera, uważała, że w razie zagrożenia należy przeprowadzić zmasowaną akcję, z możliwością użycia broni atomowej, duet Kennedy-McNamara wolał wojny na niewielką skalę, rozgrywające się z dala od granic USA i prowadzone przy pomocy broni konwencjonalnej.
Za jeden z głównych celów postawili sobie zwalczanie raczkującego w kolejnych krajach komunizmu. Stąd między innymi brało się silne wsparcie udzielane Wietnamowi Południowemu.