Gry z serii są first-person shooterami z elementami gry fabularnej. Serię uważa się za duchową kontynuację gry System Shock 2, między innymi z faktu, iż wiele osób tworzących tę grę, tworzy również tę serię. Gracz kieruje postacią (w pierwszej części Jackiem, w drugiej Tatuśkiem – Obiektem Delta), która przemierza podwodne miasto, eliminując przeciwników i wykonując zadania. Do dyspozycji gracz otrzymuje różne rodzaje broni, które mogą być ulepszane w trakcie rozgrywki, jak również można je ładować różnymi rodzajami amunicji. Może on również korzystać z plazmidów – genetycznych modyfikacji dających nadnaturalne umiejętności (na przykład psychokinezę i pirokinezę). Można mieć w jednym momencie określoną liczbę plazmidów, jednak ich konfigurację można zmieniać w odpowiednich miejscach w grze. Dodatkowo gracz może włamywać się do systemów obronnych i wykorzystywać je do obrony własnej. W trakcie rozgrywki gracz zbiera pieniądze, za które może nabywać przydatne przedmioty (na przykład amunicję), EWĘ (oryg. EVE) – substancję podtrzymującą działanie plazmidów oraz ADAM-a. Ten ostatni jest zbierany od Siostrzyczek po pokonaniu broniącego ich Tatuśka.