Po oficjalnym zaprzysiężeniu Nguemy na urząd prezydenta, Ondo Edu udał się na wygnanie do Gabonu, a po powrocie do kraju został oskarżony o planowanie puczu i rozstrzelany.
Początkowo swoje rządy oparł na koalicji czterech partii politycznych, działających głównie według kryteriów plemiennych. Następnie zakazał ich działalności i objął w pełni dyktatorskie rządy. Przez pierwsze 145 dni jego rządy były stosunkowo liberalne, a on sam popierał ideę budowy wolnego społeczeństwaSimon Sebag Montefiore, Potwory. Historia zbrodni i okrucieństwa, tłum. Jerzy Korpanty, wyd. Świat Książki, Warszawa 2010, , s. 276..
Jako że już w przeszłości nabrał radykalnie szowinistycznych (szczególnie antyhiszpańskich) poglądów, nakazał wyjazd z kraju społeczności hiszpańskiej – w marcu 1969 roku z Gwinei Równikowej wyjechało 7 tys. Hiszpanów. Wielu z nich stanowiło siłę wysoko wykwalifikowanych i wykształconych pracowników, których brak doprowadził do załamania się gospodarki.