Po konflikcie z szefostwem Hondy Beattie postanowił przenieść się do zespołu Yamahy. Podczas treningów przed GP Francji doznał poważnego wypadku, w wyniku którego stracił wszystkie palce u nogi (jego stopa wkręciła się w łańcuch). Był jednak w stanie kontynuować swą karierę i po kilku tygodniach wrócił do rywalizacji. W kończącym sezon GP Walencji zajął najlepsze w sezonie piąte miejsce. Zdobyte punkty sklasyfikowały go na 13. pozycji.
Sezon 1995 Australijczyk spędził na startach w ekipie Suzuki. Był to najlepszy okres w jego karierze, w którym walczył o tytuł mistrza świata. Po sześciu wyścigach Beattie prowadził w klasyfikacji generalnej, z dorobkiem pięciu miejsc na podium. Wypadek na treningu przed GP Holandii wykluczył go jednak z niedzielnych zmagań oraz zaważył na całym sezonie. Po znakomitej serii Doohana Australijczyk stracił prowadzenie w mistrzostwach, ostatecznie zostając na koniec wicemistrzem świata. W ciągu czternastu wyścigów Beattie dziewięciokrotnie meldował się na podium, w tym dwukrotnie na najwyższym stopniu (podczas GP Japonii i Niemiec).