Mimo że matka Henryka Joanna sprzeciwiała się małżeństwu, szlachta nawarska gorąco je popierała i dzięki temu doszło do jego zaaranżowania. Joanna d’Albret zmarła, zanim doszło do ślubu.
Ślub 18 sierpnia 1572 Małgorzata poślubiła Henryka Burbona, który po śmierci matki został królem Nawarry. Pan młody jako hugenot pozostawał poza kościołem przez większość ślubu. Odnotowano także, że nupturienci nie spoglądali na siebie tylko na wprost, co nie świadczyło o tym, by było to małżeństwo z miłości.
6 dni po ślubie w dzień św. Bartłomieja Katarzyna Medycejska przygotowała przy pomocy katolików słynną rzeź hugenotów (zobacz: Noc św. Bartłomieja), którzy przybyli na ślub do Paryża.
Małżeństwo na odległość Po ślubie i panującym po nim zamieszaniu Henryk uciekł do Nawarry, zostawiając swoją nowo poślubioną w Paryżu. Pod kontrolą swojego brata króla Henryka III, Małgorzata stała się więźniem we własnym domu. Ostatecznie pozwolono jej wrócić do męża. Przez następne trzy i pół roku Margot i jej mąż prowadzili skandaliczne życie. Obydwoje obnosili się ze swymi kochankami i często kłócili.