Nie jest jasne, gdzie święty studiował nauki humanistyczne: w Cremonie czy w Pavii. Pewne jest, że 15 czerwca 1520 roku (był to rok Exsurge Domine, kiedy papież swoją bullą potępił Marcina Lutra) udał się do Padwy, by studiować filozofię i medycynę. Przed wyruszeniem do Padwy zrzekł się swojego całego dziedzictwa na korzyść matki.
Po otrzymaniu stopnia naukowego wrócił do Cremony, ale nigdy nie praktykował medycyny. 22-letni Antoni Maria, absolwent uniwersytetu, rozważał możliwość bezkompromisowego i aktywnego chrześcijańskiego stylu życia. Rezydencja rodziny Zaccarii znajdowała się w pobliżu małego kościoła św. Vitalisa. Tu Antoni Maria, jeszcze jako człowiek świecki, zaczął gromadzić najpierw dzieci, by uczyć je katechizmu, a następnie dorosłych, by czytać i rozważać Pismo Święte. Pod kierownictwem Dominikanów zaczął studiować teologię, Biblię, pisma Ojców i Doktorów Kościoła, szczególnie św. Tomasza z Akwinu. W styczniu 1529 roku otrzymał święcenia kapłańskie. Otoczony nielicznymi bliskimi, krewnymi i przyjaciółmi, bez specjalnego patosu, odprawił pierwszą Mszę św. w kościele św. Vitalisa w Cremonie.