W wyborach parlamentarnych kierowana przez niego HSLS stała się główną partią opozycyjną. W 1995 partia uzyskała poparcie o ponad 1/3 mniejsze, zaś grupa działaczy przeszła do Socjaldemokratycznej Partii Chorwacji. W 1996 nowym przewodniczącym socjalliberałów został Vlado Gotovac. Ten ostatni rok później dokonał rozłamu, a Dražen Budiša ponownie objął kierownictwo HSLS.
Przed wyborami parlamentarnymi w 2000 doprowadził do zawarcia przez Chorwacką Partię Socjalliberalną koalicji wyborczej z socjaldemokratami, która uzyskała najwięcej mandatów w Zgromadzeniu Chorwackim IV kadencji. Dražen Budiša z ramienia tego bloku ubiegał się również o prezydenturę Chorwacji w odbywających się równolegle wyborach. W pierwszej turze zajął drugie miejsce, uzyskując 27,71% głosów. W drugiej turze dostał 43,99% głosów, w rezultacie wybory te wygrał Stjepan Mesić, popierany przez szereg centrowych i regionalnych ugrupowań.