Od 1908 przez trzy lata wykładał administrację, organizację gospodarstw i taksację rolną na prowadzonym przy Muzeum Przemysłu i Rolnictwa w Warszawie Wydziale Rolniczym Towarzystwa Kursów Naukowych. Po pierwszym roku założył tam Zakład Ekonomiki Gospodarstw Wiejskich, któremu przewodniczył przez 37 lat. W 1911 Kursy Naukowe przekształcono w Kursy Przemysłowo-Rolnicze, a w 1916 przekształcono je w Wyższą Szkołę Rolniczą, a wkrótce w Szkołę Główną Gospodarstwa Wiejskiego. Stefan Moszczeński był członkiem Rady Naukowej Wyższej Szkoły Rolniczej, a następnie SGGW. 17 marca 1919 otrzymał tytuł profesora zwyczajnego SGGW, kierował katedrą Wydziału Ogrodniczego, którego był dziekanem. Uczestniczył w pracach Towarzystwa Naukowego Warszawskiego, Czechosłowackiej Akademii Rolniczej, Rady Naukowej Międzynarodowego Instytutu Rolnictwa w Rzymie oraz pełnił funkcję delegata Związku Organizacji Rolniczych Rzeczypospolitej Polskiej do Głównej Rady Statystycznej. Zmarł nagle podczas pobytu w Żelaznej. Pochowany na tamtejszym cmentarzu po roku został ekshumowany i przeniesiony na cmentarz w Żbikowie. Nie pozostawił po sobie potomstwaSejm Wielki, Stefan Moszczeński z Moszczonego h.