Tak rozpoczynał się stosunkowo szybki proces rozkładu państwa, który za Malekszaha nie był jednak jeszcze zbyt widoczny za zewnętrzną fasadą potęgi.

Malekszah w trakcie swojego panowania zaangażował się szczególnie na wschodzie, gdzie starał się wykorzystać osłabienie państwa Karachanidów. Szereg wypraw zostało ostatecznie uwieńczonych sukcesem w roku 1089, kiedy zajął on Bucharę i Samarkandę, jednak zdobycze te nie były trwałe. Poza tym sułtana pochłaniały sprawy Syrii i Palestyny, gdzie w roku 1071 niejaki Atsyz stłumił w imieniu gubernatora Akki powstanie miejscowych Arabów, i zdobył Jerozolimę, uszczuplając tym samym posiadłości Fatymidów. Zagrożony przez Romana Diogenesa Alp Arslan nie zdołał usunąć Atsyza, którego potęga ciągle wzrastała – w roku 1076 zdobył on Damaszek, i próbował podbić Egipt, co mu się jednak nie udało. Zwrócił się więc o pomoc do Malekszaha, ten jednak w roku 1079 wysłał przeciwko niemu swojego brata Tutusza, który zabił Atsyza i zdobył jego ziemie.

W trakcie panowania Malekszaha doszło także do niekontrolowanego przez sułtana podboju Anatolii przez Turków.