Kapitan Edward Pacewicz objął następnie dowództwo Batorego, a kapitanem „Chrobrego” został Zygmunt Deyczakowski.
W końcu 1939 roku „Chrobry” odbył (w dużym konwoju, w którym znajdował się również „Batory”) rejs z Halifaxu w Kanadzie do Glasgow z żołnierzami 1 Dywizji Kanadyjskiej.
W lutym 1940 roku statek przeszedł remont w stoczni w Glasgow. Zamontowano wówczas m.in. działo 152 mm na pokładzie rufowym.
W kwietniu został wcielony do konwoju R4, który miał przetransportować wojska brytyjskie do Norwegii. Tam też, jako statek flagowy kolejnego konwoju, 14 maja 1940 roku „Chrobry” został zbombardowany przez samoloty niemieckie w Vestfjordzie nieopodal Bodø. Wybuchł gwałtowny pożar, którego nie udało się ugasić. Zginęło wielu przewożonych żołnierzy i 12 członków załogi. Resztę uratowały eskortujące okręty brytyjskie – niszczyciel HMS „Wolverine” i eskortowiec . Ocaleli wszyscy oficerowie, w tym kapitan Deyczakowski oraz starszy oficer Karol Olgierd Borchardt, później znany pisarz, który w czasie katastrofy został ranny i uaktywnił mu się skrzep w mózgu, który uniemożliwił służbę na okres 11 miesięcy. Płonący statek nie tonął przez wiele godzin, przetrzymał nawet wybuch przewożonej amunicji.