Rozwój działalności kościoła został przerwany przez wybuch II wojny światowej oraz dyskryminację związków wyznaniowych w ZSRR. Po zajęciu Łotwy przez Armię Czerwoną w 1944 r., arcybiskup Teodors Grīnbergs oraz sześćdziesiąt procent innych duchownych luterańskich udało się na emigrację. Kierownictwo kościołem objął Kārlis Irbe, który uważał współpracę z rządem radzieckim za sposób na zagwarantowanie kościołowi niezależności. Został jednak deportowany wraz z pozostałymi aktywnie działającymi duchownymi. O sprawach kościoła zaczęła decydować Rada Do Spraw Kultu Religijnego, podległa Radzie Komisarzy Ludowych ZSRR. Pod nową władzą kościół był dyskredytowany, jego majątek znacjonalizowano, a pastorzy zostali wygnani. Działalność kościoła została ograniczona do sprawowania nabożeństw niedzielnych. W 1954 r. zostały wprowadzone przymusowe zmiany w Ustawie Kościelnej przyjętej w 1928 r., a wybory arcybiskupa były nadzorowane przez aparat państwowy. W związku z tym na arcybiskupa wybrano Gustavsa Tūrsa, którego następcami byli kolejno Pēteris Kleperis oraz Alberts Freijws. Oboje zmarli zaraz po wyborze na stanowisko, nie doczekując swojej konsekracji.