Po pokoju w Nystad i wejściu ziem estońskich pod panowanie Carstwa Rosyjskiego, arystokracja uzyskała prawo do powoływania duchownych. Zostało ono wycofane w 1832 r. na mocy nowego prawa kościelnego przyjętego przez cara Mikołaja I.

Do końca XIX wieku duchowieństwo luterańskie zarówno w miastach, jak i na terenach wiejskich było przeważnie niemieckojęzyczne.

Po zakończeniu I wojny światowej i uzyskaniu niepodległości przez Estonię, w 1919 r. powołano samodzielny kościół ewangelicki. W odróżnieniu od pozostałych krajów nordyckich, nie był on kościołem państwowym. Nabożeństwa prowadzone były w języku estońskim. Kościół prowadził liczne instytucje charytatywne, jak sierocińce, szkoły dla niesłyszących oraz domy schronienia dla kobiet. Zborownicy aktywnie uczestniczyli w życiu kościoła, umacniając jego pozycję jako ważny element estońskiej kultury. Należało do niego 78.2% populacji kraju.