W 1996 lotnisko zostało przekazane jako zbędne dla potrzeb wojska Agencji Mienia Wojskowego, która wydzierżawiła je spółce Porty Lotnicze „Mazury-Szczytno. mały|Stanowiska odprawy biletowo-bagażowej check-in W czerwcu 1996 na lotnisku wylądował pierwszy samolot cywilny z pasażerami na pokładzie. Od tego czasu, do 2003, w sezonie letnim, odbywały się regularne, cotygodniowe loty z Warszawy i z miast w Niemczech.
10 października 2001 rozporządzeniem Rady Ministrów lotnisko zostało wpisane na listę lotnisk, na których mogą być wykonywane starty i lądowania w ruchu międzynarodowym.
22 sierpnia 2002 Ministerstwo Obrony Narodowej przekazał lotnisko Agencji Mienia Wojskowego.
14 maja 2003 spółka Porty Lotnicze Mazury-Szczytno uzyskała certyfikat Agenta Obsługi Naziemnej Nr PL-15H/03 w zakresie obsługi pasażerów, obsługi bagażu, obsługi płytowej statków powietrznych, obsługi w zakresie zaopatrywania statków powietrznych w paliwo, transportu naziemnego pomiędzy statkiem powietrznym i dworcem lotniczym.
30 listopada 2003 wojsko opuściło lotnisko.
2 grudnia 2005 lotnisko zostało wpisane do Rejestru Lotnisk Cywilnych pod numerem 59 jako lotnisko cywilne użytku publicznego kodzie referencyjnym 3C.