Zasady rozgrywek Zmagania w lidze toczyły się systemem kołowym w dwóch rundach – jesiennej i wiosennej. Każda z drużyn rozgrywała z pozostałymi po 2 mecze. Zwycięzca uzyskiwał prawo do gry w II lidze (od sezonu 2008/09 do sezonu 2012/13) lub w barażach o II ligę z pierwszym zespołem grupy opolsko-śląskiej (od sezonu 2013/14 do sezonu 2015/16).
Do ligi awansowali mistrz i wicemistrz IV ligi, grupy kujawsko-pomorskiej oraz mistrzowie IV ligi z grup: wielkopolskiej północnej oraz wielkopolskiej południowiej.
Do sezonu 2012/13 drużyny, które po zakończeniu rozgrywek zajęły w tabeli III ligi grupy II miejsca odpowiednio 14, 15 i 16 spadały do właściwej terytorialnie IV ligi.
Liczba drużyn spadających z III ligi ulegała zwiększeniu o liczbę drużyn, które spadały z II ligi zgodnie z przynależnością terytorialną do Wielkopolskiego lub Kujawsko-Pomorskiego ZPN.
Drużyna, które zrezygnowała z uczestnictwa w rozgrywkach, degradowana była o 2 klasy rozgrywkowe i przenoszona na ostatnie miejsce w tabeli (jeśli rozegrała przynajmniej 50% spotkań sezonu;