Już w pierwszym miesiącu okupacji usunięto z kopalni polski personel kierowniczy i większość personelu nadzorczego, wprowadzając na ich miejsce Niemców. Od 1942 roku w zaczęto zatrudniać w kopalni jeńców wojennych, więźniów i robotników z pozostałych terenów okupowanej Polski. Dla zwiększenia wydobycia przedłużono czas pracy – w 1944 roku wynosił on 11,5 godz. na dobę.
Pod koniec okupacji Niemcy planowali zatopić kopalnię. 24 stycznia 1945 roku założono ładunki wybuchowe w kotłowni, sprężarkach, odwodnieniu głównym oraz w podszybiach poziomu 300 i 500 m. Działająca w konspiracji Rada Komitetu Ochrony Kopalni pod przewodnictwem Zygmunta Żurawskiego w nocy z 24 na 25 stycznia po uprzednim unieszkodliwieniu ładunków przejęła kopalnię we władanie aż do dnia wyzwolenia Katowic z niemieckiej okupacji.
Po 1945 roku mały|lewo|Zabudowa pokopalniana kopalni „Katowice” w kwietniu 2006 roku