Po zwołaniu Synodu w Trzanowicach w marcu 1991 postanowiono o wyborze nowych władz kościelnych, którym przewodzić miał biskup Vladislav Volný. Postanowienia te zostały potwierdzone przez kolejny Synod, który odbył się w listopadzie tego samego roku w Czeskim Cieszynie.
Z decyzją tą nie zgadzała się część wiernych skupionych wokół starego kierownictwa SCEAV. Postanowili oni o odłączeniu się od Kościoła śląskiego i zarejestrowaniu w 1995 Luterańskiego Kościoła Ewangelickiego Augsburskiego Wyznania ze zborami w Bystrzycy, Czeskim Cieszynie, Gródku i Trzyńcu. Biskupem nowego Kościoła został Wilhelm Stonawski. Stosunki między SCEAV a LECAV zostały nawiązane dopiero w 1997, dzięki pośrednictwu Światowego Związku Kościołów Luterańskich.
W 2003 działalność rozpoczął zbór w Pradze. 31 października 2008 dokonano poświęcenia Centrum Luterańskiego w Bystrzycy, a 1 maja 2012 – kościoła Zmartwychwstania Pańskiego w Czeskim Cieszynie, będącego pierwszą świątynią należącą wyłącznie do LECAVKonfesyjny Portal Luterański – Poświęcenie kościoła p.w. Zmartwychwstania Pańskiego w Czeskim Cieszynie.
Obradujący dnia 23.06.2018 Synod Kościoła w Bystrzycy wybrał nową Radę Kościelną w składzie: ks. Věslav Szpak (Biskup), ks. Ladislav Devečka (zastępca Biskupa), oraz inż.