W 1801 Gruzja, pozostająca od 1783 pod rosyjskim protektoratem, stała się de facto zależna od Rosji. Patriarcha Antoni II nie sprzeciwiał się temu i deklarował pełną lojalność wobec nowych władz. W grudniu 1801 otrzymał rosyjski Order Aleksandra Newskiego. Już dwa lata później dowodzący wojskami rosyjskimi w Gruzji gen. Pawieł Cycjanow poinformował Katolikosa-Patriarchę, iż władze rosyjskie nie życzą sobie istnienia na terenie Gruzji dotychczasowej liczby eparchii, zasugerował patriarsze jej zmniejszenie. Antoniego II oskarżono również o naruszenie praw dotyczących własności ziemskiej oraz tolerowanie agitacji antyrosyjskiej prowadzonej przez pozostałych w kraju Bagratydów. W 1809 patriarcha został wezwany do Petersburga w celu „uzgodnienia” planowanych przez władze rosyjskie zmian w strukturze Kościoła prawosławnego w Gruzji. Powołując się na zły stan zdrowia, duchowny odkładał wyjazd przez rok, zanim w listopadzie 1810 ostatecznie opuścił Tbilisi. W rzeczywistości niezależnie od jego postawy władze carskie postanowiły już, iż kontrolę nad prawosławiem gruzińskim obejmie Świątobliwy Synod Rządzący Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego.