Zagrożony aresztowaniem przez władze komunistyczne pracował pod zmienionym nazwiskiem jako proboszcz - najpierw w Krośnie Odrzańskim jako Stanisław Jankowski, a od lutego 1947 jako Stanisław Janczar w Jezioranach k. Olsztyna. Został aresztowany w dniu 5 lipca 1947, a w dniu 29 listopada 1947 skazany na karę śmierci za udział w organizacji mającej na celu obalenie przemocą ustroju RP oraz działalność wywiadowczą na rzecz obcego mocarstwa. Został ułaskawiony przez prezydenta Bolesława Bieruta, który 19 stycznia 1948 zamienił mu karę śmierci na karę 15 lat pozbawienia wolności. Od sierpnia 1948 przebywał w Zakładzie Karnym we Wronkach. W marcu 1955 udzielono mu przerwy w karze, której odbywania już nie wznowił.
Działalność naukowa W 1957 został wykładowcą wyższych seminariów duchownych w Sandomierzu i w Drohiczynie. Od 1960 do 1984 był pracownikiem Akademii Teologii Katolickiej, gdzie kolejno habilitował się w 1960 na podstawie pracy „Autentyczność Listów do Tesaloniczan”, uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego w 1967, tytuł profesora zwyczajnego w 1974. W latach 1972–1981 był przez trzy kadencje rektorem ATK. Napisał m.in., „Eklezjologia św. Pawła” (1972). „Teologia świętego Pawła: człowiek i Kościół w zbawczym planie Boga” (1979), ponad 100 haseł do „Podręcznej Encyklopedii Biblijnej”.