Anna Elżbieta została pochowana 31 grudnia 1662 w kaplicy królewskiej w bazylice w Saint-Denis. Serce królewny zostało zabalsamowane i włożone do ołowianego wazonu, który został następnie umieszczony w sercu z pozłacanego srebra zwieńczonym koroną fleur-de-lisThe History of Paris, t. 1, Paryż 1825, s. 141.. Królowa Anna Austriaczka osobiście złożyła serce wnuczki w kaplicy św. Anny w kościele Val-de-Grâce w ParyżuL. Dussieux, Généalogie de la maison de Bourbon de 1256 à 1871, Paryż 1872, s. 92, przyp. 10.. Było ono pierwszym sercem pochowanym w kaplicy, która zgodnie z intencją królowej Anny miała stać się miejscem pochówku serc członków dynastii BurbonówL. A. Rotmil, Understanding Piety and Religious Patronage: The Case of Anne of Austria and Val-de-Grâce, Londyn 2010, s. 272.. Grób Anny Elżbiety w bazylice w Saint-Denis był jednym z wielu grobów członków dynastii Burbonów, który został sprofanowany w czasie rewolucji francuskiej na polecenie Konwentu Narodowego. Do ekshumacji i zbezczeszczenia zwłok królewny doszło 16 października 1793The History of Paris, t. 3, Paryż 1825, ss. 409–410.. 19 stycznia 1817 szczątki przedstawicieli francuskich rodów królewskich zostały odnalezione i pochowane w krypcie bazyliki w pięciu trumnach, ponieważ nie udało się ich zidentyfikowaćI.